Dnia 25 marca 1992 r. z woli świętego papieża Jana Pawła II nastąpiła reorganizacja Kościoła Rzymskokatolickiego w Polsce. To spowodowało powstanie nowej diecezji ełckiej z dawnej części diecezji łomżyńskiej i archidecezji warmińskiej. Wówczas nowi księża biskupi: abp Wojciech Ziemba i bp Edward Eugeniusz Samsel w trosce o wiernych utworzyli kilka nowych parafii.
Taką potrzebę nowego ośrodka duszpasterskiego dostrzegli również w tej dzielnicy Augustowa. Po wyszukaniu terenu pod nową parafię - ówcześni pasterze powierzyli troskę o tworzenie tej placówki ks. Stanisławowi Wrońskiemu.
W niedzielę 2 października 1994 r. w uroczystej procesji z parafii Najświętszego Serca Jezusowego na nowo powstające osiedle Wyspusty został przyniesiony i postawiony krzyż. Poświęcenia krzyża i placu dokonał ks. abp. Wojciech Ziemba. W niedzielę, 16 października 1994 r. w kolejną rocznicę pontyfikatu papieża Jana Pawła II została pod krzyżem odprawiona pierwsza Msza święta. Następnego dnia rozpoczęto budowę drewnianej kaplicy.
Po niespełna dwóch miesiącach zmagań, podczas pasterki 1994 r. ks. abp Wojciech Ziemba poświęcił ową kaplicę, konsekrował ołtarz oraz erygował to nową parafię i mianował ks. Stanisława Wrońskiego jej pierwszym proboszczem.
Później był czas wykupywania poszczególnych działek od osób prywatnych na rzecz nowo powstającej parafii.
W 2000 r. odbyło się poświęcenie i oddanie do użytku domu parafilanego.
Kolejnym wielkim wyzwaniem dla parafian była kosztowna i pracochłonna wymiana ośmiometrowej warstwy niestabilnego gruntu z myślą o budowie nowego kościoła.
Po wykonaniu projektu i uzyskaniu pozwoleń 8 czerwca 2006 r. rozpoczęto jego budowę.
Po wykonaniu proejktu wnętrza kościoła nastąpiła jego systematyczna realizacja.
W całości został zagospodarowany chór wraz z pięknymi 21. głosowymi organami mechanicznymi. Zostało wykonane całe prezbiterium z nowym z nowym tabernakulum, ołtarzem, lektorium, chrzcielnicą, obrazami, figurami i umeblowaniem. Pomalowano wnętrze kościoła, które czeka na położenie ornamentów.Trwa końcowa realizacja stacji drogi krzyżowej i żyrandoli. Do wykończenia zostały nam elementy stolarskie w środkowej częsci kościoła: ołtarze boczne, ławki, konfesjonały i meble w zakrystiach oraz wykonanie witraży i pozłocenie wszystkich elementów ozdobych.
Parafialnie Świętej Rodziny na przestrzeni ponad dwudziestoletniej historii przeżyli wiele podniosłych uroczystości: wielokrotnie miały miejsce tygodniowe misje święte, nawiedzenie relikwii Krzyża Świętego, św. Wojciecha, obrazu Jezusa Miłosiernego, kopii cudownego obrazu M. B. Częstochowskiej.
Ośmioro kleryków pochodzących z tej parafii otrzymało święcenia kapłańskie i miało tu swoje prymicyjne Msze święte.
1 czerwca 2014 r. swoją prymicję, po otrzymaniu święceń biskupich w katedrze łomżyńskiej miał nuncjusz apostolski w Singapurze i Wietnamie ks. abp. Marek Zalewski.
W 2014 r. swój złoty jubileusz kapłaństwa przeżywał ks. emeryt ks. kan. Kazimierz Dochód, a srebrny jublieusz kapłaństwa przeżywał ks. proboszcz Stanisław Wroński.
Od wielu lat wikariusze naszej parafii organizaują Pierwszą Pielgrzymkę na Jasną Górę.
Od Pasterki w 2019 r. parafianie rozpoczną przeżywanie srebnego jubileuszu powstania parafii. Będzie to czas dodatkowego modlitewnego podziękowania Bogu za ogrom Jego łask udzielonych naszej wspólnocie parafialnej i wszytskim dobroczyńcom za różnoraki wkład w powstanie tego Bożego dzieła.
Dnia 27 października 2018 r. ta wspólnota parafialna z wielkim dziękczynieniem uczestniczyła w uroczystości poświęcenia świątyni i konsekrowania ołatarza, której dokonał J. E. ks. bp. Jerzy Mazur - biskup ełcki.
31 lipca 2019 r. swoją posługę w parafii zakończył pierwszy proboszcz i budowniczy naszej parafii Ks. mgr Stanisław Wroński. Po niespełna 25. latach spędzonych wspólnie, dekretem Ks. Bp. Jerzego Mazura SVD, ks. Stanisław odszedł do parafii Chrystusa Sługi w Suwałkach.
1 sierpnia 2019 r. jako drugi proboszcz w historii naszej parafii zaczął pełnić swoje obowiązki ks. dr Marek Janowski.